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展览温室
始建于1956年，是我国建立较早的展览温室，也是江苏最大的植物展览温室之一，占地面积1600平方米，收集了来自世界各地的热带、亚热带观叶植物、蕨类植物、多浆植物、经济植物900余种，如经济植物芒果、龙眼、咖啡、鳄梨、依兰；大型观赏植物尼古拉鹤望兰、木棉、火鸟蕉；气生及水生植物斑叶龟背竹、睡莲、三角梅；观叶植物秋海棠类、凤梨类、苏铁、变叶木、彩叶竹芋等；观赏蕨类如波士顿肾蕨、鸟巢蕨、鹿角蕨；中国特有的珍稀植物，如叉叶苏铁、金花茶等；食虫植物，如捕蝇草、瓶子草等。荟萃了许多难得一见的花木品种，令人眼花缭乱。温室内终年叶绿花红，春意融融，令人心旷神怡。
红枫岗景区
面积近3公顷。景区哪种植布置了近20种红叶树种，如槭树科的鸡爪槭、三角枫、羽毛枫，以及枫香、乌桕、黄连木、榆树、榉树、盐肤木等。还布置了15个品种的杜鹃，及多种地被植物如 。
经扩建改造后的"红枫岗"景区，99年以崭新的面貌迎接四方宾朋。入秋霜降后，鸡爪槭、枫香、三角枫、乌桕等红叶树种，竞相争艳，猩红、浓黄，染醉山林，与蓝天、白云、碧草交相辉映，营造一派如诗如画的动人景致，使植物园成为石城秋赏红叶的又一个好去处。
自然教育小区
是我园近年来特别为青少年设立的一个的科普场所，由植物园与英国驻沪总领馆文教处及英国伦敦生态所合作建立，于99年6月初建对外开放。自然教育小区位于南京中山植物园西北部紫金山南坡，占地15~20公顷。小区是一个具有多种生境的自然区域，为紫金山的代表性动植物提供了一个安全稳定的生存环境。小区中有一条自然小径贯穿始终，其中设置了十个点，并根据需要设立了一些必要的设施。这些点的设施较全面地表现了教育区的生态内容。学生们可以在教师和导游的指导下，捕捞小昆虫，采集少量动植物标本，做游戏，在此过程中了解一些生态学的基本原理，学习一些有关知识。自然小径特色在于景观富于自然情趣，很少人工干扰，并且为公众，尤其是中小学生提供了一个充分接触和感受大自然，在自然环境中开展环境与生态知识教育的场所，帮助他们更好地认识和学习自然，进一步激发其对大自然的热爱以及更有效地培养他们的环保意识。同时自然小径也是一个充满自然情趣、魅力独具的特色景点。
盲人植物园
这里是我国目前最大的盲人植物园，由南京中山植物园在南京爱德基金会、日本东京绿化中国基金会、省科委及华飞公司支持资助下兴建的盲人植物园，于1998年5月建成向公众免费开放。盲人园占地1公顷，在植物选择和设施方面都充分考虑了盲人同胞的特殊需求。园内种植的植物以及设施都充分考虑到盲人的需要。种植了一些无毒，无刺，具有香气，叶形奇特的植物，充分调动盲人的嗅觉、触觉等感官去植物的奇特和美丽。园中部分植物还设置了语音提示系统，揿动按钮，就可以听到一段关于该植物的讲解录音。该园为盲人朋友提供了一个置身自然怀抱，感受自然神奇美妙的乐园，自98年5月开放以来倍受各界关注和好评和参观者的欢迎。盲人园使他们能够那么真切而贴近地感受到大自然的神奇和美好。
青少年科普示范园
建成于2001年。位于园中水库西北。占地5.55亩。该园系专门为青少年设计和建立的专类园。其重要内容之一就是要形象展示中小学生生物课本中涉及的重点科属植物、其它代表性植物及有关知识点，并为广大师生提供了一定的实践场所和动手机会，以便让学生更深入了解和牢固掌握课堂中所学生物知识，该园已成为青少年学习生物学及相关学科的理想园地，也是公众尤其是生物爱好者了解植物奥秘的乐园。
该园分为苔藓蕨类植物区、裸子植物区、农作物区、观赏植物区、药用植物区、果木区、藤本区等区域，还建了一座淳朴简洁的农家小院，增加了浓郁的乡土气息和轻松氛围。
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